Los hermanos, Karl y David Scott, están en un vuelo con su padre en su avión privado cuando Karl toma los controles, para que su padre pueda dormirse. Después de volar hacia una tormenta, tras un error del piloto, se estrellan en al costa de una isla perdida. Frank salva a sus hijos, pero tiene problemas para escapar del avión accidentado ya que su cinturón de seguridad no se libera. Karl y David llegan a la orilla. Buscando ayuda, Karl y David conocen a un hombre llamado Cyrus Crabb que los lleva a Waterfall City, la capital de Dinotopia, una civilización oculta donde los seres humanos y los dinosaurios conviven pacíficamente. De hecho, algunos de los dinosaurios, en particular un Troodon neurótico, pero amigable llamado Zippo, poseen inteligencia humana y hablan un inglés perfecto. Entre las muchas reglas en Dinotopia está el edicto que, una vez que llega un extraño, nunca se le permit
