Sucede poco después del fin de la Quinta Temporada.Trata sobre el enfrentamiento entre Clark,(Kal-El) y Zod, quien arroja a Clark a la Zona Fantasma, y trata también sobre el enfrentamiento entre Clark y los criminales que escaparon de la Zona Fantasma el día que Clark escapó de allí.Además,un secreto de Chloe es revelado,y esta temporada relata la relación amorosa de Lana Lang y Lex Luthor. Mientras tanto, teniendo el control sobre el cuerpo de Lex (Michael Rosenbaum), Zod mantiene a Lana (Kristin Kreuk) cautiva con la intención de exigirle concebir a su heredero y comienza sus planes de convertir la Tierra en el planeta Krypton. Cuando Clark logra salir de la zona fantasma libera por accidente a cuatro bandidos alrededor del planeta.
