La temporada retoma con Neal y Mozzie -que han huido de EE.UU- refugiados en una isla de Cabo Verde. Peter se da a la tarea de encontrar a Neal antes de que lo haga un Agente del FBI y especialista internacional en la captura de fugitivos, llamado Kyle Collins. Por otra parte, los secretos sobre la vida pasada de Neal comenzarán a salir a la luz. La segunda mitad de la temporada Neal se propone averiguar la verdad respecto al caso de su padre (James), finalmente se pone de acuerdo con Peter, para recuperar una caja que contiene evidencias. Es una temporada con varias tensiones emocionales para Neal, muere Ellen Parker, y reaparecen: Alexandra Hunter, Sara Ellis (con quien se profundiza la relación), James Bennett (su padre). En una confusión, Peter queda incriminado como el asesino del senador Pratt, con varias evidencias físicas en su contra.
