Los hermanos Borges han consolidado su poder en el penal de San Onofre y ahora necesitan tramar un plan para recaudar mucho dinero rápido porque tienen una posibilidad de “comprar” su libertad. A pedido de Antín, los Borges deben proteger a un interno recién llegado, hijo de un empresario poderoso. Emma lidia con los traumas que el motín le dejó y los jóvenes de la Sub 21 intentan destronar a los Borges; para ello, tejen alianzas con un preso ex boxeador y con Pantera.
El Marginal 3 centrará en dos años después del "motín de las palomas", que se vió en la segunda temporada, y un año antes del secuestro de Luna Lunati, que sucedió en la primera.
